Das Projekt AllEcoSys zielt auf die Förderung nachhaltiger und widerstandsfähiger landwirtschaftlicher Systeme. Dafür wird ein Netz von Living Labs in ganz Europa eingerichtet. Diese sollen die Einführung agrarökologischer Praktiken für die Bodengesundheit, die biologische Vielfalt und zur natürlichen Schädlings- und Krankheitsbekämpfung erleichtern. Durch diese Praktiken will AllEcoSys Agrarunternehmen unterstützen, zu einer nachhaltigen Lebensmittelproduktion und zum Umweltschutz beizutragen. Im Mittelpunkt steht der Prozess der Ko-Kreation und die Kombination von traditionellem und indigenem Wissen mit wissenschaftlichen Erkenntnissen. Dabei wird die Rolle des Fachwissens der Erzeuger und ihre enge Zusammenarbeit mit der Forschungsinfrastruktur hervorgehoben.
Konkret sollen die Gesundheit der Böden und die Kohlenstoffspeicherung verbessert sowie die Diversifizierung der Kulturen gefördert werden. So sollen sie widerstandsfähiger gegen Umweltbelastungen werden, auch durch die Stärkung wichtiger ökologischer Prozesse durch biologische Wechselwirkungen. Darüber hinaus wird AllEcoSys die sozioökonomischen Auswirkungen von agrarökologischen Anbaumethoden bewerten und sich dabei auf die Triebkräfte, Kompromisse und Hindernisse bei der Umsetzung neuer Praktiken konzentrieren.